از خطرناک ترین آلاینده های آب می توان به مواد شیمیایی مختلف اشاره نمود که با ورود به طبیعت و انجام واکنش های متعدد با سایر مواد در نهایت تاثیر نامطلوبی را به همراه خواهند داشت. در جوامع صنعتی و پیشرفته بیشترین مقدار آلاینده ها در گروه آلاینده های شیمیایی قرار دارد که دلیل اصلی آن، وجود تعداد زیاد کارخانجات صنعتی می باشد. مهم ترین آلاینده های شیمیایی عبارتند از:
- فاضلاب کارخانجات
- باران های اسیدی
- کودهای شیمیایی و حشره کش
- فلزات سنگین از قبیل آهن، مس، کادمیوم، سرب، کروم، نیکل و …
- مواد شوینده خانگی و صنعتی
- ضایعات رادیواکتیوی
- پالایشگاه ها و پمپ بنزین
- داروسازی
با توجه به نوع محصولات تولید شده در کارخانجات، مواد آلی و غیر آلی و شیمیایی متعددی از طریق پساب های صنعتی به منابع آب زیرزمینی وارد میشوند. از خطرناک ترین آنها می توان به فاضلاب داروسازی ها، مواد رادیواکتیوی و مواد نفتی حاصل از فعالیت پالایشگاه ها یا ترکیدگی لوله های انتقال مواد نفتی و بنزین اشاره نمود.